La principale funzione del sistema museale è il coordinamento dei musei aderenti con la finalità di:
- valorizzare i musei e il loro patrimonio e la cultura materiale e immateriale del territorio
- migliorare la qualità, quantità e modalità di accesso ai beni e ai servizi culturali;
- operare per una gestione coordinata delle politiche museali al fine di condividere missioni, obiettivi, strategie nonché al fine di realizzare economie di scala;
- aumentare la partecipazione dei cittadini e il tasso si attrattività del territorio attraverso lo sviluppo di progetti dedicati.
Il sistema museale Pratomusei è sostenuto dalla Regione Toscana.